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Cancellara e un passaggio a livello impediscono il bis nel 2006

Nel 2006 Tom si presenta in maglia iridata e reduce dal secondo successo al Fiandre. La doppietta però stavolta non gli riesce: Cancellara va via sul tratto in pavé di Champin-en-Pévèle e il tentativo di inseguimento di Boonen e Ballan, già difficile, si ferma per un passaggio a livello chiuso. Il belga arriva quinto al Velodromo ma viene classificato al secondo posto per la squalifica di Hoste, Van Petegem e Gusev, che avevano attraversato il passaggio a livello malgrado le sbarre già abbassate.